Un error común de Automator es obtener sólo elementos, olvidando eliminar una acción añadida para la prueba, o que una aplicación o servicio puede tener ya elementos pasados al flujo de trabajo. Esto puede dar lugar a elementos de entrada adicionales o duplicados - por ejemplo, un Filtrar elementos del buscador aplicará los filtros al actual elementos del flujo de trabajo, mientras que un Buscar elementos del buscador aplicará los filtros a los elementos de la fuente especificada, añadiendo a los elementos del flujo de trabajo.
Lo más probable es que tu error se deba a la duplicación de algunas de las referencias de los archivos. La aplicación ya recibe los elementos que se le pasan automáticamente (los elementos que se le han caído encima), y esos se están añadiendo a los elementos devueltos por el Buscar elementos del buscador lo que hace que el flujo de trabajo intente tirar a la basura elementos que ya han sido movidos a la basura.
Automator no tiene acciones de control o condicionales, por lo que si está ejecutando una aplicación sin la intención de soltar elementos en ella, cada acción tiene un Ignore Input
que impedirá el uso de cualquier elemento que se le pase. Utilizando esta opción en el Buscar elementos del buscador acción, no tendrás que preocuparte de que se añada algo extra por dejar caer elementos en la aplicación.
Si lo que quieres hacer es asegurarte de que no has agrupado accidentalmente algo con los elementos que quieres tirar a la basura, utiliza la función Filtrar elementos del buscador acción en lugar de Buscar elementos del buscador realizará los filtros en los elementos pasados al flujo de trabajo sin obtener otros.