Pages no soporta la carga de paquetes LaTeX (no se llaman plugins, sino paquetes en la terminología de LaTeX). Así que no puedes cargar, por ejemplo, el chemfig de CTAN que mencionas.
Apple proporciona la siguiente página en la que se describen los comandos compatibles:
https://support.apple.com/en-us/HT202501
Pages no incluye un entorno LaTeX completo, y sólo es capaz de representar un subconjunto de comandos LaTeX.
Para mis propios fines he utilizado LaTeX ordinario convertido en PDF que puedo arrastrar y soltar en Pages. Como se trata de un PDF, se puede redimensionar dentro de Pages sin perder calidad.
Para ello necesita tener instalado LaTeX. Una forma fácil de conseguirlo es instalar MacTex, que incluye LaTeX.
Puede descargar MacTeX desde aquí:
http://tug.org/mactex/mactex-download.html
O si tiene HomeBrew, puede utilizarlo para instalar primero HomeBrew Cask y luego instalar MacTeX utilizando los siguientes comandos:
brew tap caskroom/cask
brew cask install mactex
Para pasar a PDF puede utilizar el comando pdflatex o una herramienta gráfica como texpad .
