No toques nada. Los problemas más grandes provienen de archivos y software de desarrolladores de terceros que no tienen (o tienen un número limitado de) mecanismos de desinstalación, que luego dejan crudo todo el HD, y que pueden haber instalado archivos en lugares distintos a los recomendados por Apple. Los archivos y aplicaciones del sistema se actualizan, modifican y borran con las sucesivas actualizaciones de MacOS.
Cuando se utiliza el Asistente de Migración, que se ha vuelto más competente en su trabajo a lo largo de los años, los archivos obsoletos del sistema MacOS no se transfieren. He usado MA con discos de respaldo de Time Machine para mover mis cuentas de usuario a cuatro nuevos iMacs a partir de los días de MacOS Leopard.
En mi trabajo, usamos MA exclusivamente para mover a nuestros usuarios a nuevos portátiles cuando el ciclo de reemplazo aparece. A los usuarios se les da un disco eterno de la máquina del tiempo que un portátil y se les instruye en su uso. El personal de TI no tiene tiempo, y nuestros usuarios no tienen la experiencia, para mover datos y aplicaciones manualmente cuando llega el tiempo de reemplazo. También requerimos a nuestros usuarios que usen el almacenamiento de archivos en la nube (el disco de Google en nuestro caso) para sus archivos de trabajo.