¿Cómo combinar varios archivos pdf basados en la ubicación y el nombre con la línea de comandos?

Aunque específicamente pediste un script de bash, como respuesta complementaria podrías considerar usar el script de python que se muestra a continuación. Curiosamente, una parte del proyecto de python (Ipython) fue diseñada específicamente para reemplazar bash.

from PyPDF2 import PdfFileMerger
import os 

def merge_it(files,path):
    merger = PdfFileMerger()
    for file in files:
        merger.append(file)

    merger.write(os.path.join(path,"combined_file.pdf"))
    merger.close()

for path, dirs, files in os.walk(os.getcwd()):
    for dir in dirs:
        if dir == 'tmp':

            pdf_files = []
            for file in os.listdir(os.path.join(path,dir)):
                if file.endswith(".pdf"):
                    pdf_files.append(os.path.join(path,dir, file))
            merge_it(pdf_files,os.path.join(path,dir))

Lo que este programa requiere es codificar de forma permanente las rutas que contienen subcarpetas /tmp. Eso también se puede automatizar dependiendo de cuánta automatización desees. No recomendaré eliminar los PDF originales a menos que estén ocupando demasiado espacio.

ACTUALIZACIÓN: Busca todas las subcarpetas con el nombre 'tmp' en el directorio de trabajo actual y combina todos los archivos PDF dentro de cada carpeta tmp.