Time Machine no hace copias de seguridad de los archivos eliminados. El objetivo de mantener una copia de seguridad es hacer copias antes de los archivos se eliminan de modo que si quieres restaurarlos después de la eliminación, puedes hacerlo.
No es útil pensar en los archivos eliminados como meramente "marcados para ser eliminados pero que siguen ahí".
Dicho esto, el formato APFS hace "instantáneas locales", que son entradas de catálogo alternativas a los datos más antiguos, incluyendo los archivos eliminados. Por lo tanto, si buscas recuperar archivos eliminados que no han sido previamente respaldados por Time Machine, entonces las instantáneas locales pueden preservarlos.
Puedes navegar por las instantáneas locales entrando en la aplicación Time Machine cuando la unidad de copia de seguridad externa NO esté conectada. Acerca de las instantáneas locales