Uso del disco: ¿Cómo mostrar sólo las carpetas de máxima profundidad?

du por sí solo no ayudará aquí, pero puedes combinar du con find para lograrlo:

find . -type d -exec sh -c '(ls -p "{}" | grep -q /) || du "{}"' \;

Lo que hace esto es lo siguiente:

• find . -type d -exec ... \; busca todos los directorios y ejecuta la parte en ... para cada uno de ellos (con {} siendo sustituido por la ruta del directorio)
• sh -c '...' ejecuta el ... parte en un subshell (porque -exec sólo puede ejecutar un binario y no conoce por sí mismo la sintaxis del shell)
• (ls -p "{}" | grep -q /) lista todas las entradas dentro del directorio con un / si la propia entrada es un directorio, y luego busca silenciosamente las líneas que contienen / . Sólo nos interesa el código de retorno de grep aquí, así que si quieres comprobar manualmente lo que hace ejecuta (ls -p "DIR" | grep -q /); echo $? con varios DIR para ver la diferencia entre los directorios que contienen subdirectorios y los directorios que no
• || du "{}" se ejecuta sólo si la parte anterior ( (...) ) hizo no encontrar cualquier coincidencia (lo que significa que estamos en un directorio sin más directorios)

PD: Me quito el sombrero ante https://stackoverflow.com/questions/4269798/use-gnu-find-to-show-only-the-leaf-directories para los detalles esenciales.