Las aplicaciones de OS X son en realidad carpetas especiales que contienen numerosos archivos más pequeños, recursos, binarios, configuraciones de localización, etc. Cuando el Finder abre una carpeta con muchas aplicaciones, necesita hacer mucho más que para abrir una carpeta con el mismo número de documentos ordinarios.
Como mínimo, el Finder necesita verificar el nombre localizado de cada aplicación y cargar el ícono de cada aplicación. También necesitará verificar si puede abrir la aplicación, comprobando si es Intel, PPC, Universal o Clásica, posiblemente verificando si es de 64 bits o de 32 bits también.
Es posible que el Finder esté recopilando otra información también, posiblemente verificando la estructura de carpetas de cada aplicación para verificar que realmente sea una aplicación, o verificando su archivo info.plist para asociaciones de tipos de archivos, etc. Lion también puede verificar que cada aplicación esté listada en Launchpad.
Por supuesto, cuantas más aplicaciones tengas, más tiempo tomará este proceso. Supongo que, a menos que tus Mac tengan poca memoria RAM, la única forma de hacer que este proceso sea más rápido es arrancar desde un SSD en lugar de un disco duro convencional. O tal vez eliminar todas las aplicaciones innecesarias (que no fueron instaladas por OS X).
Además, la primera vez después de cada inicio de sesión, las carpetas de Aplicaciones y Utilidades pueden ser un poco menos receptivas al principio, incluso después de que las aplicaciones hayan aparecido, porque el Finder también necesita examinar cada aplicación para calcular su tamaño total de archivo.