Permítanme responder a esto aportando un contraejemplo.
Tengo dos dispositivos iOS: un iPhone 4 y un iPad (original). Utilizo conjuntos de aplicaciones ligeramente diferentes en ellos. Por ejemplo, no tengo una aplicación de notificación llamada Prowl en mi iPad porque su uso previsto es llamar mi atención en cualquier lugar en el que me encuentre. Y el iPhone siempre está a mi lado o al menos muy cerca.
Y, por supuesto, hay aplicaciones sólo para el iPad, como la serie iWork hasta hace poco. Incluso entonces, sólo tengo las aplicaciones de iWork en mi iPad porque trabajar en algo así en un iPhone es ciertamente terrible.
Así, al gestionar mis aplicaciones, si al borrar una aplicación en el dispositivo se borraba en iTunes, el otro dispositivo perdería la aplicación en la siguiente sincronización. Esto no es algo bueno para mí.
Cuando eliminas una aplicación en iTunes, la desmarca de la lista de sincronización. De este modo, sigues recibiendo las actualizaciones de la misma a través de iTunes, y si alguna vez quieres recuperar la aplicación, es una operación sencilla marcar la casilla.
Creo que el ejemplo de @Hand-E-Food de una aplicación de pago es un buen ejemplo. Aunque sabemos que puedes volver a descargar cualquier app que no esté en tu biblioteca y que ya hayas pagado, no tener que pasar por el " Sí Quiero volver a descargar esta aplicación que compré" hoops es útil.
Si has eliminado una aplicación por culpa de los cuelgues o la inestabilidad general, entonces puedes ver iTunes y esperar a que se actualice, y entonces actualizarla y ver si mejora.
El por qué es mejor que lo responda la propia Apple, ya que obviamente fue una consideración de diseño que no estoy seguro de que nadie más aquí tenga la respuesta.
Pero desgraciadamente no creo que se pueda cambiar. La forma más fácil de cambiarlo sería eliminar aplicaciones sólo a través de iTunes, y no en su iPhone directamente.