El disco externo utilizado para almacenar las copias de seguridad de Time Machine debe estar formateado con HFS+, también conocido como Mac OS Extended (Journaled). Si la unidad externa está formateada con APFS, no podrá utilizarse para almacenar las copias de seguridad de Time Machine.
La unidad interna de su Mac utilizada para contener el sistema operativo MacOS puede formatearse con APFS o HFS+. Ambas opciones permitirán realizar una copia de seguridad del ordenador con Time Machine.
Si tu ordenador fue convertido automáticamente a APFS con la actualización a High Sierra esto no tiene nada que ver en sí mismo con tu problema de Time Machine. Dicho sistema sigue siendo compatible para ser respaldado con Time Machine.
Si quieres revertir la conversión automática de HFS+ a APFS, tendrás que hacer una copia de seguridad del sistema, volver a formatear el ordenador con HFS+ y luego restaurar desde la copia de seguridad (o reinstalar un nuevo sistema operativo MacOS si no tienes ningún dato que guardar). Lamentablemente, no existe ningún programa de conversión automática de APFS a HFS+.
Tenga en cuenta que dicha conversión de APFS a HFS+ no mejora por sí misma su situación en Time Machine.