Básicamente, si entiendo tu pregunta, sí, está permitido, pero podría no ser necesario.
Cuando usted paga para ser un desarrollador de Apple genera un certificado de seguridad se puede utilizar para muchas funciones, una de las cuales es para firmar el código de una carpeta de archivos. Aplicaciones en macOS son sólo los paquetes de archivos con algunas de las convenciones que los archivos de hacer algo un paquete o una aplicación. Usted puede firmar un guión, un paquete de código interpretado paquete o una aplicación compilada.
Apple está ofreciendo elementos adicionales como la notarización de una aplicación, pero usted debe ser capaz de iniciar su aplicación de ejemplo con un certificado de auto-generado antes de pagar por Apple para firmar / proporcionar su identidad que todos sus dispositivos y OS confiará como válido.
En resumen, usted paga por una identidad que Apple valida. Por supuesto, si se abusa de esta, su certificado puede y debe ser revocada, pero siempre y cuando la firma de aplicaciones legítimas que usted debe esperar para que solo tenga que pagar anualmente por una renovación de su certificado. Esto es bastante análoga a la obtención de un certificado SSL. Usted paga por esos periódicamente y, a continuación, el firmante en general no le importa por qué / dónde instalar que cert - siempre y cuando no romper sus reglas y quedar atrapado, no revocar su certificado.
Ahora - si el ejecutable de java obtiene notariado y firmado por otra persona, usted puede no necesitar esta en todos y usted no está de incrustación ejecutable bits y justo de los recursos y el texto o código fuente. Por ejemplo, no tiene sentido pagar si usted escribe swift scripts o secuencias de comandos de python o bash (o shell) secuencias de comandos. Que sería como el código de la firma de un documento de word y no de la palabra el propio programa.
