Los atajos para cada aplicación pueden cambiarse fácilmente en el menú de preferencias que mencionaste.
Qué atajos se pueden cambiar está determinado por las opciones que están en el menú de esa aplicación. Así que para Finder, puedes personalizar "Nueva ventana de Finder" y etc. etc. lo que sea que esté en el menú.
Para cambiar el atajo para "Abrir" (que sucede ser Finder -> Archivo -> Abrir en el menú) ve a Preferencias del Sistema, Atajos de teclado, ve a Atajos de aplicaciones, encuentra "Finder", presiona el botón "+", y agrega una nueva opción con el nombre "Abrir" (exactamente escrito como la opción del menú) e ingresa un atajo de teclado.
Ten en cuenta que no puedes usar la tecla enter ni nada: solo puedes usar las teclas modificadoras (shift, comando, control, fn) y números o letras.
Para atajos generales puedes ir a "Todas las aplicaciones" y agregar un atajo para "Copiar" o "Pegar" o lo que sea que esté disponible para la aplicación en su menú.
EDICIÓN: Respuesta a comentarios:
1) Si no puedes encontrar el nombre exacto de un comando de menú o si no hay un comando de menú... bueno, simplemente no puedes establecer un atajo a menos que uses algún tipo de aplicación de terceros que intercepte pulsaciones de teclas (algo así como AutoHotKey pero en Mac). Por lo tanto, para Quick Look, no funciona ya que el comando de menú (hay una opción de menú para eso en Finder Archivo->Quick Look) agrega el nombre del archivo que se va a "Quick Looked", por ejemplo, "Quick Look 133.png". Creo que en Leopard quizás funcionaba si simplemente se establecía "Quick Look" con cualquier atajo debajo de Finder, pero no funciona en SL para mí.
2) La Captura de pantalla Cmd+Shift+3 es universal: es una captura de pantalla completa. Cmd+shift+4 es similar excepto que te permite seleccionar un área para capturar. No estoy seguro a qué te refieres con qué atajos son para qué aplicaciones... O bien están listados bajo la aplicación (en las preferencias) o son universales y se aplican a cualquier aplicación con la opción de menú o al sistema mismo.
EDICIÓN 2: Agregaré aún más cuando tenga tiempo
a) Según mi conocimiento, los atajos de teclado PERSONALIZADOS se guardan en com.apple.universalaccess.plist y com.company.application.plist (por ejemplo, com.apple.finder.plist) ubicados en la carpeta ~/Library/Preferences.
com.apple.universalaccess.plist enumera las aplicaciones con atajos personalizados:
com.apple.finder.plist lista los atajos personalizados reales para Finder bajo NSUserKeyEquivalents:
EDICIÓN 3:
b) Creo que los atajos predeterminados para aplicaciones Cocoa se almacenan en los archivos nib, por ejemplo ../Finder/Contents/Resources/English.lprog/MenuBar.nib
o algo así. He editado con éxito estos archivos nib MANUALMENTE utilizando el Interface Builder para cambiar los atajos de teclado de los elementos de la barra de menú. (No sé si hay atajos que no son elementos de la barra de menú y no están definidos por el sistema) Por lo tanto, no conozco ninguna manera de línea de comandos...
El nib:
No sé si esto satisface tu propósito. Como nota al margen, para completar, para editar un archivo nib compilado como los de Finder... es una respuesta totalmente diferente por sí sola. Este artículo lo resume bien. Básicamente trabajas con un nib no compilado para editar un nib compilado: Si te embarcas en este viaje y tienes problemas para encontrar un nib no compilado, he subido uno aquí.
Si alguna vez encuentro un método de línea de comandos o aprendo más sobre dónde las aplicaciones almacenan los atajos de teclado actualizaré esta respuesta en consecuencia.
EDICIÓN: Nota final Estos nib están en formato xml o algo así y pueden ser abiertos por editores de texto... eso podría permitir... no lo sé. :D