La diferencia entre los dos es que la App Store la versión es "sandbox" donde según la versión independiente no lo es.
"Sandboxing" significa que la aplicación está limitada en qué tipo de recursos en su ordenador puede acceder. Esta es la razón por la que cuando se utiliza la App Store la versión para la primera vez, usted tiene que confirmar la ubicación de tu OneDrive en tu ordenador. Esto hace que la carpeta esté disponible a través de la caja de arena para OneDrive.
Sandboxing significa que algunas características no funcionarán en la App Store la versión - es decir, que no está disponible. Sin embargo, Microsoft no es realmente documentar o resaltando en cualquier lugar a lo que esas características podría ser. "Ordinaria" inicio de uso de los usuarios de OneDrive es totalmente compatible, pero si desea utilizar otras características, puede que tenga que comprobar que están trabajando en la App Store la versión. Por ejemplo, echa un vistazo a esta guía de Microsoft:
https://support.office.com/da-dk/article/synkroniser-filer-med-onedrive-synkroniseringsklienten-på-mac-os-x-d11b9f29-00bb-4172-be39-997da46f913f
Se explica cómo se puede configurar OneDrive para sincronizar archivos con una empresa de instalación de Sharepoint. Como primer paso se le dice a desinstalar la App Store la versión de OneDrive, e instalar la versión independiente.
En resumen: Si desea que todas las funciones, utilice el instalador independiente. Si quieres una forma fácil, familiar proceso de instalación - uso la App Store la versión.
Sólo Microsoft puede decir por qué se decidió tener dos diferentes opciones de instalación. Sin embargo, en general, las razones más comunes para hacer que se apoye a la empresa instalaciones automatizadas, y para el suministro de "familiar" y "fácil de usar" de la instalación para los usuarios domésticos.