¿Dar instrucciones a un ejecutable en UNIX?

Parece que quiere enviar algún número (¿586?) de líneas de FTIG_dldStruct.txt a la ./STP ¿comando? Si es así, suponiendo que ./STP lee de la entrada estándar como es típico, eso puede parecer:

head -n 586 FTIG_dldStruct.txt | ./STP

Como se señala en los comentarios para pasar todo el contenido del archivo que sería:

./STP < FTIG_dldStruct.txt

También son posibles varias canalizaciones, quizás para filtrar los comentarios (aquí definidos arbitrariamente como líneas que empiezan por # ) con grep :

grep -v '^#' FTIG_dldStruct.txt | ./STP

Si necesita ./STP que se quede después de introducir esos comandos para que se pueda interactuar con el programa, eso es un tema más complicado y normalmente requiere un expect script que a su vez envuelve ./STP .

#!/usr/bin/env expect -f
set filehandle [open "FTIG_dldStruct.txt"]
set maxlines 586
spawn -noecho ./STP
while {[gets $filehandle line] >= 0 && $maxlines > 0} {
    # wait for prompt from program
    expect -ex "STP>"
    send "$line\r"
    incr maxlines -1
}
# turn interaction with the program over to the user
interact

Este código tendría que guardarse en un archivo y hacerse ejecutable como cualquier otro script en unix. expect también está disponible como biblioteca en otros lenguajes de programación.