El sistema de archivos que se ejecuta en MacOS y Windows maneja los archivos ocultos de manera diferente. Los dos enfoques, es decir, anteponer un punto .
al nombre del archivo o utilizando chflags hidden
no funcionará, ya que establecerá el archivo como oculto en Mac y no en Windows.
Los nombres de archivo precedidos de .
permanecerá oculto en cualquier sistema UNIX/Linux.
Puedes ocultar archivos en Windows obteniendo las propiedades de un archivo y marcando la casilla "oculto" en la pestaña general. Esto sólo ocultará un archivo si no cambia el comportamiento por defecto del Explorador de Windows para mantener ocultos los archivos ocultos.