Apple lossless es el camino a seguir en iTunes.
Me gusta poder actualizar iTunes cada vez que llega una nueva versión y dependo de una fácil sincronización entre ordenadores (para compartir en casa y en streaming), así como entre dispositivos, por lo que intento no añadir complementos o formatos no compatibles a menos que la necesidad sea grande.
Si te preocupa la naturaleza propietaria de Apple Lossless en lugar de FLAC (la mejor alternativa gratuita sin pérdidas), es muy sencillo recodificar por lotes toda la biblioteca a AAC / MP3 o AIFF/WAV o grabarla en un CD a máxima resolución.
La ventaja del formato Apple Lossless es que tiene una tasa de compresión del 50% sin pérdida de datos ni de calidad de sonido.
Supongo que la mayoría de las personas que no utilizan un DAC externo y auriculares de alta calidad (de 400 a 1.500 dólares) con amplificadores para audiófilos rara vez necesitarán tasas de bits AAC superiores a 240 kbps para la mayoría de las grabaciones. Ir más allá es generalmente un desperdicio de espacio para un impacto poco o nada discernible en el disfrute de la escucha.
Básicamente, sólo merece la pena codificar más alto si la grabación es valiosa y de archivo o si realmente se escucha una diferencia para esa pieza que hace que merezca la pena recodificarla a un nivel sin pérdidas.
Siempre puedes empezar con Apple Lossless y convertir después a FLAC/AIFF o reducir la muestra si te sientes limitado por el software de Apple.