Corro fsck -fy tres o cuatro veces, como se sugiere en los comentarios, pero no quiso revelar cualquier tipo de problema y me decía "El volumen /dev/rdisk1s1 parece que está bien".
Tuve la suerte de tener Windows instalado junto a macOS con Bootcamp, así que me arranca en Windows para ver si los datos en la partición macOS estaban bien. Resultó que uno no puede ver APF unidades en Windows, así que tuve que instalar una versión de prueba de APFS por Paragon, que le permite montar dichas unidades a partir de Windows.
La partición montada correctamente, y yo era capaz de ver a todos mis datos, así que, al parecer, nada se ha perdido o dañado. Yo estaba aún más afortunado de tener un disco duro de repuesto por ahí y un dispositivo para conectarse a un ordenador a través de USB, así que lo hice y copian la gran mayoría de mis archivos de la (defectuoso?) macOS partición para esta unidad.
Después de que los datos estaban a salvo, he reiniciado en modo Recovery, comprobar la partición de la Utilidad de Discos , una vez más, que se mostró "...parece ser ACEPTAR" de nuevo, y traté de reinstalar el sistema operativo.
Sé que el proceso de instalación se supone para ser un poco largo, pero este era increíblemente largo. Todo parecía haber instalado (sin errores de ningún tipo), y se trató de arrancar de sí mismo. Ella estaba haciendo eso, y me muestra la habitual logotipo de apple en el fondo blanco y una completa barra de progreso para, literalmente, quince horas porque me lo dijeron "vamos a trabajar" y que podría reparar la unidad en los comentarios, y tenía la esperanza de no perder ningún dato. Bueno, eso fue a ninguna parte, así que finalmente me acaba de apagar el Mac abajo. (Por CIERTO, después del arranque de Windows de nuevo, me enteré de que todos los datos en la partición macOS estaban todavía intactos)
Terminé de limpiar la partición macOS desde la Utilidad de Discos en el modo de Recuperación e instalación de macOS , una vez más. Esto funcionó muy bien, y tengo un nuevo macOS Mojave de la instalación, desde el que estoy escribiendo esto (semi-)respuesta. Puedo acceder a todos los datos que se copian en la unidad externa, nada está dañado.
TL;DR - hizo una copia de seguridad (la partición no está dañado), nuked la partición de la órbita y hice una instalación limpia; todavía ni idea de por qué sucedió esto.
