No puedo estar seguro de que es relativa, pero después de activado el Cifrado de Archivos de Spotlight sólo dejó de trabajar en las carpetas de archivos y aplicaciones. He probado todos los consejos que he visto en este post en este foro y más, incluyendo reinstalar el sistema operativo y restablecimiento de parámetros de la memoria RAM y la eliminación de la .Spotlight-V100 carpeta.
He encontrado la respuesta hoy y tomó tanto tiempo pensé que valía la pena publicar tanto la pregunta y la respuesta aquí.