En algunas pruebas en un MacBook Pro con USB 3.0 y un MacBook Pro anterior con USB 2.0 (no USB 3.0) he encontrado
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Ambos arrancarán en un disco externo (un clon de la unidad interna) si la unidad está en una caja USB 2.0.
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La unidad de caja externa USB 3.0 puede ser leída por ambas máquinas. Es compatible con el USB 3.0 en el nuevo MacBook Pro.
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La unidad USB 3.0 es claramente una opción en Preferencias del Sistema, Disco de Inicio, y puedo seleccionar la unidad perfectamente.
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La unidad USB 3.0 NO arranca en el nuevo MacBook (pero arranca bien en el anterior MacBook con solo USB 2.0). De hecho, al arrancar manteniendo pulsada la tecla de opción, incluso entonces la unidad externa USB 3.0 no es visible en el nuevo MacBook, pero sí en el anterior.
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Una vez que el sistema operativo está completamente en funcionamiento, el disco USB 3.0 se muestra bien como un dispositivo en el Finder, funciona a la velocidad del USB 3.0, etc.
Mi conclusión:
USB 3.0 NO es compatible con el firmware interno del último MacBook Pro, por lo que no puede arrancar en la unidad, pero el propio sistema operativo añade claramente el soporte para el dispositivo USB 3.0 una vez que se carga.
El USB 3.0 sólo es compatible con el sistema operativo y no con el firmware.
Esto hace que el soporte de USB 3.0 sea mucho menos valioso, en mi opinión, ya que arrancar un dispositivo USB 3.0 externo puede ser una forma muy práctica de tener una copia de seguridad de la unidad interna que se puede utilizar a una velocidad razonable.
En este punto, tengo que poner la unidad externa en un recinto USB 2.0. Arranca, pero no ofrece ninguna ventaja en el nuevo MacBook con soporte USB 3.0.
Tal vez veamos un firmware actualizado que resuelva este problema.
Mi versión actual del Boot Rom es: MBP91.00D3.B08
Miré aquí: http://support.apple.com/downloads/#macnotebooks pero no encontré una descripción de este problema de arranque del USB 3.0 (todavía).