Sí, es posible guardar un mensaje en formato EML (llamado Raw Message Source por Mal.app) con archivos adjuntos.
De hecho, ese es el comportamiento por defecto al guardar un mensaje como archivo EML seleccionando Archivo>Fuente de mensajes en bruto, o al arrastrar y soltar un mensaje desde Mail.app al Finder. (Probado en MacOS High Sierra).
Como tú dices, la opción de guardar los archivos adjuntos está en gris, pero el archivo adjunto se incluye de todos modos (parece ser un fallo de la interfaz gráfica de usuario). Después de guardar el mensaje, puedes hacer doble clic en él y los archivos adjuntos estarán disponibles. El único requisito es que el archivo adjunto se haya descargado.
Tenga en cuenta que si previsualiza el archivo EML con Quick Look, el adjunto puede aparecer con una imagen de signo de interrogación:
pero el apego sigue ahí.
Si está interesado en las interioridades del archivo EML, el archivo adjunto está incluido en base64 una codificación binaria a texto que tiene el siguiente aspecto (si abre el archivo EML con un editor de texto):
--Apple-Mail=_3512B54A-1A55-4008-A3CA-1DBA66D2D37C
Content-Transfer-Encoding: 7bit
Content-Type: text/plain;
charset=us-ascii
Test message.
--Apple-Mail=_3512B54A-1A55-4008-A3CA-1DBA66D2D37C
Content-Disposition: attachment;
filename=book-hudson.epub
Content-Type: application/epub+zip;
x-unix-mode=0644;
name="book-hudson.epub"
Content-Transfer-Encoding: base64
UEsDBBQAAAAAANuKeT9vYassFAAAABQAAAAIAAAAbWltZXR5cGVhcHBsaWNhdGlvbi9lcHViK3pp
cFBLAwQUAAAACADaink/ZEg+NrQAAAAMAQAAFgAAAE1FVEEtSU5GL2NvbnRhaW5lci54bWxVjsEK
wjAQRO/9irBXqdGbhLaC4FnBL1jTrQbT3dBsRf/e6EH0ODDz3jTbxxjNnaYchFtYL1dgiL30gS8t
zDrUGzBZkXuMwtQCC2y7qvHCioFpMmXPuVQndoI5ZMc4UnbqnSTiXvw8Eqv71Nx3Bv/OrjKmmUR0
CJHyO/1kM8wx1gn12sJhvzue7BtToEtJA5iR+oC1PlN5hynF4FEL2AqdUy4zf8MLLYof7EdjfzyN