Es posible cambiar el ID de Apple en un iPhone. Puedes hacerlo yendo a Ajustes > iTunes y App Store y cerrando la sesión con tu actual ID de Apple. Después de eso, puede iniciar sesión con el nuevo ID de Apple.
Cuando se descarga/compra una aplicación de la App Store, ésta se conectará al ID de Apple que se utiliza para realizar la descarga/compra. Esto significa que si empiezas a usar un ID de Apple diferente para descargar/comprar nuevas apps, no hay problema para actualizarlas.
Como has mencionado, tienes por ejemplo WhatsApp instalado. Si hay una actualización de WhatsApp en la App Store, todavía puedes actualizarlo, pero tienes que usar la contraseña de tu "antiguo" ID de Apple.
Como curiosidad, puedes hacer una copia de seguridad de tu historial de WhatsApp (textos y medios) en iCloud. Después de esto, puede eliminar y volver a instalar WhatsApp y restaurar la copia de seguridad.
No sé si otras aplicaciones importantes para ti tienen la misma funcionalidad para crear una copia de seguridad en iCloud.