Cada plataforma viene con una o más interfaces binarias de plataforma específicas que definen cómo deben estructurarse los sistemas operativos (o los programas autónomos que no son sistemas operativos).
Las primeras partes de ejecución de un sistema operativo se definen generalmente en código máquina binario. La CPU leerá el código máquina, lo dividirá en instrucciones y ejecutará esas instrucciones. Las instrucciones conforman el sistema operativo.
Todos los sistemas operativos que se ejecutan en una plataforma específica deben atenerse a la misma (o a un número reducido) interfaz binaria de la plataforma. A su vez, ofrecen una interfaz binaria de aplicación (ABI) a los programas de usuario que se ejecutan sobre el sistema operativo. La ABI es una mezcla de la interfaz binaria de la plataforma y los requisitos específicos de ese sistema operativo concreto. Algunos sistemas operativos ofrecen múltiples ABIs.
Una plataforma en estos términos es una combinación de una arquitectura y un modelo de CPU y varios periféricos (por ejemplo, una plataforma podría ser un Mac con una CPU Intel x64, una interfaz de firmware UEFI, etc.).
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Su pregunta es extremadamente amplia; por favor, sea más específico. ¿Le interesa saber qué diferencia la instalación de MacOS de la de Windows, Linux u otros sistemas operativos? Básicamente, cualquier instalación ordinaria de un sistema operativo consiste en la posible partición/formateo del almacenamiento, la copia de archivos, la copia de un cargador de arranque y la modificación de la configuración específica de la instalación (como la adición de cuentas de usuario, la configuración de la red, etc.).
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Me refiero a cómo se comunica el binario con la CPU. No realmente cómo funciona la configuración. Como una capa inferior a la humana. ¿Existe una manera consistente de que la relación binaria/CPU funcione para todos los sistemas operativos que sea agnóstica al sistema operativo?
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Depende de lo que quiera decir exactamente con su pregunta, pero en términos generales, cada plataforma proporciona una o más de las llamadas ABI específicas que definen cómo el sistema operativo (u otros programas) necesita ser estructurado para funcionar. La interfaz binaria de la plataforma es independiente del sistema operativo. El sistema operativo proporcionará de nuevo una ABI para las aplicaciones que se ejecuten sobre el sistema operativo, que será una mezcla de requisitos de la interfaz binaria de la plataforma y de los propios requisitos del sistema operativo.