¿Cómo recupero las fotos de la nube después de colocarlas allí?

Tanto iCloud Photo Library como iCloud Photo Stream son servicios de sincronización, y harán exactamente eso. Sincronizar entre dispositivos. Esto significa que si borras las fotos de tu iPad manualmente, también se borrarán en la Fototeca de iCloud, a menos que hayas desactivado esta función antes.

La mejor manera de recuperar las imágenes es comprobar la carpeta "Eliminados recientemente" en el iPad o después de iniciar sesión en https://www.icloud.com en las fotos.

Puedes cargarlas en tu Mac (aplicación Fotos) / PC (iCloud para Windows) a través de la Fototeca de iCloud y luego seleccionar las que quieras, copiarlas en una carpeta y luego cargarlas en el teléfono.

Si utilizas la Fototeca de iCloud para sincronizar todas tus cosas entre dispositivos, una vez que elimines la foto de tu iPad, se eliminará en todos los dispositivos AFAIK.

A no ser que te refieras a otra cosa con "subir", como en manual.