Deberías hacer una copia de seguridad de tu partición de Windows mientras se arranca en Windows El sistema de backup debe ser compatible con Windows, y la copia de seguridad debe realizarse en una unidad externa con formato NTFS, ya sea a través de Ethernet, USB, FireWire o cualquier otro medio. No intente utilizar un disco duro físico que tenga una partición formateada para Mac o Time Machine, y otra partición formateada para NTFS. Utiliza un disco duro completamente separado.
No intentes hacer una copia de seguridad de tu sistema BootCamp Windows con Mac OS X en el exterior Windows. Puede que descubras cómo hacer una copia de seguridad de algunos archivos, pero no podrás crear una imagen de arranque "bare-metal restore", como la llaman los de Windows.
Windows Vista y Windows 7 tienen una buena utilidad de copia de seguridad incorporada que puede hacer una imagen de disco completa para una restauración completa, pero sólo en un disco duro que es sólo NTFS. También pueden hacer copias de seguridad incrementales/diferenciales de archivos en un procedimiento separado. Y hay muchas soluciones de software de copia de seguridad de terceros para Windows, como Acronis.
Créeme, no querrás intentar hacer esto usando una Apple Time Capsule o una unidad que tenga una partición formateada para Apple Time Machine. Hace un par de años, elaboré un procedimiento para hacer esto usando características no soportadas en la Time Capsule, y me arrepentí, porque interfería tremendamente con mis archivos de Mac Time Machine cuando necesitaba hacer una restauración completa en mi partición de Mac en mi MacBook Pro.