Para responder mejor a esta pregunta, podemos analizar dos cosas: comandos UNIX y lo que hay en un archivo .plist.
Comenzando con un archivo .plist, el siguiente código suele estar allí
CFBundleExecutable
someApplication
El CFBundleExecutable identifica el nombre del archivo ejecutable principal del paquete. Para una aplicación, este es el ejecutable de la aplicación. Para un paquete cargable, es el binario que se cargará dinámicamente por el paquete.
Entonces al escribir launchctl unload some.plist
le dirá a MacOS la clave para localizar el archivo ejecutable del paquete y 'descargarlo' o básicamente eliminarlo del sistema. Esto se hace a nivel de aplicación.
Cuando se utiliza un comando UNIX como kill
se hace referencia a un proceso específico.
Ver qué es un Proceso vs Aplicación aquí es una buena lectura
Puedes profundizar en qué hay en los .plists y cómo funcionan en Apple