No pueden saber cuándo un usuario ha desactivado las notificaciones. Apple no comparte esa información con los desarrolladores.
El desarrollador puede saber si se ha rechazado una notificación o si se ha pulsado un botón.
Se trata de notificaciones sobre las que el usuario debe actuar. Hay otro tipo de notificaciones, las silenciosas, que no requieren que actúes. Estas son usadas por Watch complications, aplicaciones VOIP, etc, y hacen cosas como poner insignias en el icono. Estas se enviarán a tu dispositivo tanto si tienes las notificaciones activadas como si no.
Apple "promete" al desarrollador que estas notificaciones se entregarán para que el desarrollador sepa si se ha realizado alguna acción debido a ello (es decir, has leído un correo electrónico porque un icono insignia te ha dicho que había un mensaje nuevo).
Lo mejor que puedes hacer es notificar directamente al desarrollador que no te gusta lo que está haciendo. Sinceramente, a algunos desarrolladores les da igual y no van a cambiar. En ese caso, deja de usar su aplicación y busca algo que se adapte mejor a tus necesidades.