Creo que el comportamiento por defecto de Safari es para abrir un enlace en el más antiguo de la ventana abierta. Las ventanas minimizadas tienden a llegar a viejo, de ahí la molestia de Safari llevar hasta las ventanas minimizadas al abrir un enlace desde otra aplicación.
Usted puede fácilmente probar esta. Esperar a que ocurra. A continuación, vuelva a minimizar la ventana. El comportamiento debe ser repetible hasta el infinito. Luego copie la dirección URL de la ventana que desea minimizado y cerrar la ventana. Abrir una nueva ventana, pegue la dirección URL, pulse la tecla de retorno y minimizar. A continuación, abra el enlace externo y no la vaya a la ventana.
Por supuesto, esto no ayuda - sólo se explica el comportamiento. La única cosa que podría ayudar es la presentación de un informe de error:
http://www.apple.com/feedback/safari.html