Tener más de 400(!) redes preferidas puede ser un síntoma del largo tiempo que tarda en cargarlas todas. Te sugiero que te tomes el tiempo de borrar las redes que nunca usas, incluso aquellas a las que te conectas con poca frecuencia. Puede ser conveniente poder conectarse rápidamente, pero has encontrado una razón por la que en realidad no lo es. Restablecer las redes no lleva mucho tiempo, y puede que sólo evite que su ordenador se conecte a redes poco frecuentes que hayan sido comprometidas desde la última vez que las utilizó.
En segundo lugar, si utilizas el Llavero de iCloud, cualquier red Wi-Fi a la que te conectes en cualquier dispositivo que utilices con el Llavero de iCloud (especialmente los dispositivos iOS) rellenará esta lista. Lo descubrí cuando volví de unas vacaciones en Europa y todas las redes a las que me conecté en mi iPad mientras estaba allí aparecieron en mi Mac de escritorio en casa.
Por último, es conveniente colocar las redes Wi-Fi más utilizadas al principio de la lista. Esto puede ayudar a disminuir el tiempo de aparición de la lista. No tengo más que una fracción del número de redes guardadas, así que no puedo hacer un experimento en el mundo real para ver si esto disminuye el tiempo que tarda en cargar la lista.