Problema con iCloud después de la actualización de El Capitan 10.11.2

Después de actualizar mi MacBook Pro a 10.11.2, estoy teniendo grandes problemas con iCloud. Hasta ahora, estoy notando que:

1. Ya no puedo utilizar Mensajes.

2. No puedo usar FaceTime.

3. No puedo autenticar en iCloud a través del panel de preferencias.

He verificado mis credenciales de iCloud en otro lugar (en otro Mac, en iCloud.com, en un dispositivo iOS).

¿Alguien sabe cómo puedo forzar a iCloud a reconocer mis credenciales en esta máquina?

EDIT: En respuesta a las innumerables sugerencias de Tetsujin, las he catalogado aquí:

1. Se ha realizado el reinicio de la NVRAM.
2. Inicie el MacBook en modo seguro.
3. NO puede utilizar los mensajes desde el modo seguro.
4. Comprobado el estado del servicio (UP).
5. Salí de Mensajes y Facetime en todos los dispositivos y volví a entrar.
6. Reinicié los routers y el internet entrante.
7. Probé con un ISP alternativo.
8. Se muestra el SN verificado, y es válido.
9. Desactivar todos los cortafuegos.
10. Comprobada la veracidad del archivo /private/etc/hosts.
11. Se ha comprobado que no se ha utilizado ningún proxy.
12. Se han eliminado las entradas del llavero para imessage y com.apple.idms.
13. Verificado que la cuenta de Invitado PUEDE acceder a los Mensajes.
14. Eliminado com.apple.apsd.plist y reiniciado.
15. Reinicia el SMC.
16. He reinstalado OS X 10.11.2.

Ninguna de estas cosas me ha funcionado.

EDIT 2: También estoy teniendo problemas para ejecutar aplicaciones compradas a través de la AppStore. Cada vez que ejecuto una, tengo que entrar en la AppStore para verificar la compra.

EDIT 3: He hecho innumerables cambios, incluyendo el borrado de Cachés, StartupItems, Bibliotecas, etc. (de acuerdo con el soporte de AppleCare), y nada ha remediado el problema hasta ahora. Documentaré todo cuando el tiempo lo permita.

EDIT 4: El problema es más que con iCloud, pero también implica ciertas aplicaciones que requieren el acceso a algunas subcarpetas en ~ / Biblioteca. Por ejemplo, cuando intento actualizar el software Fiery de EFI, me sale esto:

Y cuando ejecuto OmniFocus, veo esta respuesta:

Y algunas aplicaciones que utilizan el framework Sparkle para realizar actualizaciones simplemente fallan. iSale 5 es un ejemplo:

Algunas aplicaciones funcionan bien, mientras que otras, obviamente, no. Hay un problema importante de permisos en alguna parte. Simplemente no he sido capaz de localizarlo.