¿Por que no aparecen las referencias de un documento Epub?

Hola, buenas noches, tengo una Macbook air, estoy tratando de leer un documento en formato EPUB todo iba iba bien pero de repente las referencias y enlaces empezaron a aparecer incompletas o incluso no aparecen, el documento esta bien, esto lo eh comprobado en una macbook pro, y en una ipad air 1 y en una ipad air 2, en estos tres últimos dispositivos el documento se puede leer a la perfección aparecen todas las referencias que necesito. Quisiera saber de que clase de error puede tratarse por que por lo que veo tiene que ver con la aplicación de ibook en mi computador, o como puedo restablecer el documento, ya que aunque lo elimine y lo vuelva a pasar a mi computadora cada vez que abro el archivo nuevo luego de ser eliminado me vuelve a aparecer con las anotaciones y en la parte de la lectura que me quede y las referencias siguen en el mismo estado, se trata de una investigación muy importante para mi, espero puedan ayudarme a solucionar mi problema, de antemano Gracias.