¿Sugerencias para un convertidor de audio por lotes?

FFMPEG y un simple bash script hará el trabajo. FFMPEG es el mismo conjunto de bibliotecas que se incluyen con productos como Handbrake.

La sintaxis básica es muy sencilla:

ffmpeg -i inputfile outputfile

Si quisieras convertir un FLAC a MP4, simplemente introducirías

ffmpeg -i inputfile.FLAC to outputfile.MP4

Para convertir un número de archivos un simple bash script como el de abajo convertirá

for file in /foo/bar/*.mp3
do
    fullfilename=$(basename "${file}")
    filename="${fullfilename%.*}"
    ffmpeg -i "$file" "/foo/bar/converted/$filename.mp4"
done

Este script básico analiza un directorio, toma el nombre de archivo original, y luego elimina la extensión para que se pueda añadir una nueva extensión durante la salida.