¿Hay alguna manera de hacer que las barras de desplazamiento de Lion sean visibles al pasar el ratón por encima de ellas?

No creo que haya una forma de hacer ninguna de tus elecciones incorporadas, y no conozco ninguna herramienta para hacerlas por ti. La única manera de obtener esta capacidad en cada aplicación sería tener un plugin que se cargue automáticamente en cada aplicación y reemplace las barras de desplazamiento predeterminadas. Una posible solución es desplazarse un poco, para que la página no se mueva mucho. Esto hará que las barras de desplazamiento se hagan visibles, y no se volverán a ocultar mientras estés moviendo el ratón por encima de esa ventana, o tengas el ratón encima de ellas. Esto significa que puedes desplazarte un poco, y luego mover el ratón sobre ellas, sin preocuparte de que desaparezcan.

Si quieres intentar implementarlo por ti mismo, probablemente necesitarás crear una costumbre NSScroller subclase, y encontrar una manera de hacer que NSScrollView la use en lugar de la clase por defecto (creo que NSScrollView tiene un método privado para crear una barra de desplazamiento por defecto que podrías anular, pero tendrás que encontrarla tú mismo).