El autor de Cydia ("saurik") respondió recientemente a algunas preguntas similares en Reddit. un comentario :
...también debería plantear la siguiente pregunta modificada: ¿cómo garantiza Apple a los usuarios que las aplicaciones de la App Store son seguras y no hacen cosas como cargar sus libretas de direcciones a terceros o rastrear su ubicación?
La respuesta es "no pueden": las aplicaciones pueden utilizar la libreta de direcciones y tu ubicación, y sin leer el código fuente (una forma de análisis propensa a los errores) no sabes lo que la aplicación realmente hace, así que no puedes afirmar si hace esas cosas específicas que consideras malas o no.
A fin de cuentas, lo que hay que hacer es no instalar software de proveedores en los que no se confía (y para ser 100% claro: me refiero a la persona que realmente escribió el software, no a la que te lo vendió), y cualquiera que intente asegurarte lo contrario sólo te está vendiendo el proverbial aceite de serpiente.
Y de un segundo comentario :
Sin embargo, tienes razón en que las aplicaciones en Cydia no se comprueban para ver si son maliciosas, pero tampoco lo son las aplicaciones enviadas a la App Store: ni nosotros ni Apple miramos su código fuente. No hay nada que impida que una aplicación normal de la App Store lea tu agenda, rastree tu ubicación y suba todo esto a un servidor; de hecho, nada impide que estas mismas aplicaciones "aprobadas por Apple" utilicen exploits del kernel local-to-Root para saltarse el sandbox y hacerse con /todos/ tus datos, incluyendo la instalación de un rootkit en tu teléfono.