Combinar carpetas y subcarpetas en MacOS

Abra un terminal y utilice ditto :

ditto [source] [destination]

Por ejemplo:

$ cd ~
$ mkdir A/
$ mkdir A/1
$ mkdir A/2
$ mkdir A/3
$ touch A/1/1.txt
$ touch A/2/2.txt
$ mkdir B
$ mkdir B/1
$ mkdir B/3
$ touch B/1/x.txt
$ touch B/3/z.txt
$ ditto A B
$ open .

De la documentación de MacOS.

Fusionar dos carpetas con el mismo nombre: Si tienes dos carpetas con nombres idénticos en dos ubicaciones diferentes, puedes fusionarlas en una sola carpeta.

Mantenga pulsada la tecla Opción y arrastre una carpeta a la ubicación que contiene una carpeta con el mismo nombre. En el diálogo que aparece, haz clic en Fusionar.

La opción Fusionar sólo aparece si una de las carpetas contiene elementos que no están en la otra carpeta. Si las carpetas contienen versiones diferentes de archivos con nombres idénticos, las únicas opciones son Detener o Reemplazar.

https://support.apple.com/kb/PH25633

Este artículo en el siguiente enlace te ayudará a configurar una acción de Automator para fusionar carpetas... o si te sientes cómodo en Terminal, puedes podría sólo tiene que utilizar Rsynch - los comandos pertinentes están en este artículo también.

https://www.bananica.com/Geek-Stuff/Synchronize-two-folders-on-a-Mac-with-Automator-and-Rsync/