En general, sí - puedes cargar lateralmente aplicaciones en el Mac y siempre que esté en el sistema de archivos (ni siquiera tiene que estar en /Applications o en la unidad de arranque) - la aplicación App Store verá que tienes esa aplicación instalada y ofrecerá actualizaciones cuando estén disponibles.
No se necesita ningún instalador, recibo u otra contabilidad para indicar que una aplicación debe ser gestionada/actualizada una vez que se ha copiado en el sistema de archivos intacta (siendo la parte intacta la clave).
En concreto, algunas aplicaciones tienen ayudantes y necesitan ser programadas para detectar que sus ayudantes no están desplegados para que la aplicación funcione correctamente. Sin embargo, esto tiene que ver más con el diseño de la aplicación que con el hecho de que la aplicación de la Mac App Store la detecte y la actualice la próxima vez que la necesite.