Si haces clic con el botón derecho en el Finder en el dock, selecciona "Opciones" y luego "Todos los escritorios". Todas las ventanas del Finder estarán disponibles en todos los escritorios todo el tiempo.

Creo que se resuelve el problema planteado en la pregunta si se selecciona "Ninguno".

Puedes hacer una simple aplicación AppleScript para poner en tu dock que hará una nueva ventana del Finder en el escritorio actual:

tell application "Finder"
    make new Finder window to home
    activate
end tell

Mira en HyperDock tiene un montón de mejoras geniales para el Dock.

De la página web:

Potentes atajos

HyperDock añade accesos directos totalmente configurables a tus aplicaciones del dock. Asigna atajos de teclado y ratón a tus elementos del dock para ocultar o salir de las aplicaciones, iniciar Expose, abrir pestañas de Safari, ventanas del Finder y mucho más.

También puede consultar TotalFinder Creo que también tiene un acceso directo global que permite abrir una nueva ventana desde cualquier lugar.

Hay una manera muy fácil de hacerlo: Establecer un acceso directo a Spotlight y utilizarlo. Yo configuro mi acceso directo a Spotlight como Control + Barra espaciadora (para que no interfiera con otras aplicaciones, especialmente con las herramientas de desplazamiento y zoom de la aplicación Adobe CC).

Cuando estoy en alguna aplicación y escribo esa combinación de teclas me aparece una ventana del Finder en el mismo espacio en el que ya estoy (no en el espacio del Finder) y el cursor está en el campo de búsqueda de la ventana. Está en el mismo espacio que estoy usando (el Finder tiene que estar configurado en Todos los Escritorios en Dock> Icono del Finder> Opciones > Todos los Escritorios) superpuesto sobre la aplicación que estaba usando.

Establezca el acceso directo a Spotlight en Preferencias del Sistema> Spotlight> Acceso directo a la ventana de Spotlight: