Resulta que este problema se extendió a otras partes del sistema, en concreto: Xcode.
Después de comunicarme con el equipo de soporte técnico de Apple, el problema de bloqueo en Xcode resultó ser que los procesos ibtoold y pboard no funcionaban correctamente. Dijeron que eran un conjunto de procesos del portapapeles y que si tenía aplicaciones relacionadas con el portapapeles, podrían estar interfiriendo.
Así que el único posible culpable en mi sistema era CopyClip.
Para asegurarme de que ese era realmente el problema, cerré CopyClip, reinicié los procesos y luego reinicié Xcode:
killall ibtoold pboard
Y funcionó. Me aseguré de que ese era realmente el problema al volver a iniciar CopyClip, luego ejecutar el mismo comando nuevamente, y el problema regresó. Entonces lo arreglé una vez más.
Pensé que el problema podría ser el mismo para el Dock, así que lo cerré:
killall Dock
¡Y voilá, volvió a funcionar!
TL;DR: Las aplicaciones que ofrecen un manejo especial para el portapapeles, como CopyClip o "Universal Copy and Paste" de PushBullet, entran en conflicto con los procesos necesarios para que Xcode y Dock funcionen correctamente. Mi problema se resolvió desactivando o eliminando esa aplicación y reiniciando el sistema.
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Mi solución fue: apple.stackexchange.com/a/216775/24565