¿Es seguro dejar que las aplicaciones utilicen Touch ID en un dispositivo iOS?

Sí, es perfectamente seguro utilizar Touch ID en el iPhone.

Las aplicaciones que utilizan Touch ID no tienen acceso a su huella digital, ni a ningún hash generado a partir de su huella digital. En realidad, la aplicación no procesa la coincidencia de la huella dactilar por sí misma, sino que llama a la API de Touch ID (sistema), que enviará el resultado a la aplicación. Por lo tanto, todo lo que la aplicación recibirá es true o false dependiendo de si tiene éxito.

Así, la aplicación no necesita tener acceso a ningún tipo de hash y todo el proceso de Touch ID lo realiza el sistema de tu iPhone (iOS), de forma similar a como desbloqueas tu teléfono con Touch ID.

Como 9to5mac explica :

Cuando un desarrollador quiere que el usuario de una aplicación se autentique, no se involucra en los detalles de cómo se realiza esa autenticación. Lo hacen en simplemente utilizar un código que pide a iOS que lo haga por ellos - lo que Apple llama el marco de autenticación local.

(énfasis mío)

Y AppleInsider explica:

Apple ha mantenido la seguridad de Touch ID mediante no proporcionar a las aplicaciones acceso a ninguno de los datos de las huellas dactilares almacenados en el enclave seguro de un iPhone . El aviso que aparece es el mismo que ya utiliza Apple para autorizar las compras de iTunes y App Store.

(énfasis mío)

Sí, es totalmente seguro.

Los datos de Touch ID se almacenan localmente en tu dispositivo y no son accesibles para Apple ni para terceros.

Cuando utilices Touch ID para una aplicación de terceros, por ejemplo, autorizará tu acceso localmente y la aplicación no verá los datos de tu huella dactilar, sólo que tu iPhone lo ha autorizado.

Personalmente, utilizo Touch ID para mi aplicación de PayPal, así como para algunos otros servicios de confianza.

(Si te preocupa, quizá no lo utilices para empresas en las que no confíes plenamente, aunque sea físicamente imposible que vean tus datos de Touch ID).