Si realmente quieres tener 1 a 1 lo mismo es mejor copiar el disco que usar Time Machine. Con Time Machine funciona así, al principio hace una instalación correcta del nuevo sistema operativo y luego copia los archivos de estas carpetas en el disco.
/Aplicaciones /Usuarios/* /Biblioteca/*
por lo que si usas algo como homebrew, macports o fink o cualquier otra herramienta de terminal que se instale en /usr/local/bin se perderá.
También cosas como los cambios realizados por lion tweaks y candybar, etc. se perderán.
También pueden perderse los cambios de permisos realizados por el usuario en las carpetas del sistema o los cambios en los iconos de estas carpetas.
Para una copia 1 a 1 puedes usar un stick usb de instalación de os x o cualquier stick live de linux con gparted en él.
luego clonar todo el disco (incluyendo la partición de restauración oculta).
ahora arranca en la partición de restauración de los nuevos discos y ejecuta una verificación/reparación del permiso del disco y si es necesario también una verificación/reparación del disco para que sepas que tu sistema operativo en el nuevo disco funciona bien.