Creo que había un error en Xcode 4.1 donde las herramientas de línea de comandos eran no instalado. Acabo de ejecutar el instalador delta 4.1.1 de la App Store y todo funciona bien.
Last login: Tue Sep 20 14:47:44 on ttys001
mac:~ mike$ which gcc
/usr/bin/gcc
mac:~ mike$ ls -l /usr/bin/gcc
lrwxr-xr-x 1 root wheel 12 Sep 19 16:04 /usr/bin/gcc -> llvm-gcc-4.2
mac:~ mike$ echo $PATH
/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/usr/X11/bin
mac:~ mike$ mkdir /tmp/test
mac:~ mike$ cat > /tmp/test/hello.c << EOF
/* Hello World program */
#include<stdio.h>
main()
{
printf("Hello World");
}
EOF
mac:~ mike$ cd /tmp/test
mac:test mike$ gcc hello.c -o hello
mac:test mike$ ./hello
Hello Worldmac:test mike$
Esto debería funcionar con la última versión de Xcode. Te has asegurado de que estás usando la última versión de gcc / Xcode y de que no tienes instaladas rutas o binarios anteriores?