La carpeta con el nombre de Escritorio en la carpeta de usuario es un "bendito" de la carpeta. El contenido de esta carpeta se muestra en la GUI de escritorio.
Para mostrar el contenido de una carpeta diferente en el GUI de escritorio tendrías que cambiar el nombre de la carpeta de Escritorio a un sin usar el nombre y cambiar el nombre de otra carpeta al Escritorio:
sudo mv ~/Desktop ~/myOldDesktop && sudo mv ~/myNewDesktop ~/Desktop
Pueden surgir problemas gráficos con los nombres de archivo y carpeta en su "nuevo" escritorio después.
No es aconsejable para "mejorar" el otro defecto de la carpeta de usuario, como Fotos o Documentos como este.
Si tiene que organizar su flujo de trabajo (o sus archivos y carpetas) como este, el flujo de trabajo o su noción de la metáfora del escritorio está roto. Eso es como el movimiento alrededor de escritorio en lugar de archivos en una oficina.