Me gustaría añadir una aclaración a la excelente ampliación de @stuffe sobre la respuesta de @cyphorious. Esto es algo que veo que ocurre mucho, tanto en usuarios de Mac de toda la vida como en adoptantes que vienen de otros sistemas.
@stuffe afirma: "Nada vive en el banquillo de los acusados de forma permanente, cualquier cosa que haya debería ser un atajo o enlace al archivo real que se espera que resida en otro lugar".
Esto es correcto, pero sólo quiero señalar que no tienes que hacer un acceso directo al archivo y luego arrastrarlo al muelle. Los iconos del dock son, por su propia naturaleza, accesos directos. Y sé que @stuffe no ha dicho que tengas que hacer un acceso directo, pero como he dicho la gente hace esto mucho, cuando escuchan que los iconos en el dock son accesos directos.
Mac utiliza mucho esta estrategia. Lo mismo ocurre con los iconos de la barra lateral y la barra de tareas. Y muchas otras aplicaciones de tu Mac.
Ejemplo: en iPhoto, sólo las fotos de la Biblioteca son las verdaderas fotos, y por lo tanto pueden ser realmente eliminadas. Las fotos puestas en álbumes aparecen como la verdadera foto, pero en realidad los álbumes son sólo un método de organización. Borrar las fotos de los álbumes no elimina las fotos, sólo borra su referencia organizativa, o acceso directo, dentro del álbum.
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Es importante tener en cuenta que el archivo *.app en el escritorio es la aplicación real (de ahí la extensión .app). Si lo borras, el acceso directo en el dock (lo que llamas la 'bandeja del sistema') no puede funcionar.