La información sobre lo que aparece en la sección Favoritos del buscador de Windows se guarda en el archivo de configuración:
/home/<su_nombre_de_usuario>/Library/Preferences/com.apple.sidebarlists.plist
hay una explicación del contenido del archivo aquí:
https://georgegarside.com/blog/MacOS/finder-sidebar-preferences-location/
y MacOS incluye una herramienta para manipular los plists desde el terminal:
/usr/libexec/PlistBuddy
Puede encontrar una introducción a la herramienta aquí:
http://fgimian.github.io/blog/2015/06/27/a-simple-plistbuddy-tutorial/
y un ejemplo de discusión sobre su uso aquí:
https://groups.google.com/forum/#!topic/macenterprise/Ks-zHlY3h5I
Sin embargo, si no quieres averiguar todo por ti mismo puedes utilizar una utilidad publicada en github que gestiona el contenido de la barra lateral desde la línea de terminal:
https://github.com/mosen/mysides
OTH