¿Se pueden eliminar las aplicaciones de iOS de la carpeta de música de iTunes después de actualizar a iTunes 12.7?

La respuesta corta es: SÍ puedes eliminar la carpeta.

La respuesta más larga es: depende de las aplicaciones que tengas. Si tienes algunas aplicaciones que ya no puedes descargar de la App Store, todavía las necesitas como copia de seguridad, para poder soltarlas en tu dispositivo cuando/si las necesitas. Así que puedes eliminar las aplicaciones que sabes que todavía puedes actualizar/descargar de la App Store.

Y cuando decidas si sigues necesitando la antigua aplicación, también deberías ver las especificaciones de la misma. - ¿es una aplicación de 32 bits o de 64 bits? sólo las de 64 bits funcionan con iOS 11

Sí, los archivos .ipa se pueden eliminar/borrar con seguridad, ya que iTunes 12.7 ya no los utilizará.

Sin embargo, si una aplicación ya no está disponible para su descarga de nuevo, puede restaurar a través del antiguo archivo .ipa, por esto Artículo de TechCrunch (incluye enlaces de soporte de Apple):

Las personas que han estado sincronizando aplicaciones a través de iTunes necesitan volver a descargar en sus dispositivos . Las aplicaciones, tonos de llamada y libros de iOS previamente descargados y libros para PC se pueden encontrar en la carpeta iTunes Media, pero si algo ya no está disponible para descargarlo de nuevo, puede todavía se puede transferir del ordenador a los dispositivos iOS con un cable USB .

También este Página de soporte de Apple notas:

Si tienes una aplicación, tono o libro de iOS que ya no está disponible para su descarga, puedes trasladar ese contenido a tu dispositivo iOS mientras conectado a un ordenador con un cable USB e.