Hay varias cuestiones relacionadas con su problema.
Primero: La descarga de un archivo a través de un navegador web se rige por las convenciones de nomenclatura y las recomendaciones que se basan en las recomendaciones del W3C y las RFC del IETF, probablemente RFC3986 . Hay un Recomendación para URI's del W3C que incluyen "caracteres reservados". Como probablemente pueda adivinar a estas alturas, el punto, así como el doble punto, son caracteres reservados. En su caso, los navegadores web están renombrando automáticamente los archivos con un punto precedente. Probablemente no hay forma de evitarlo.
Segundo: Los nombres de los archivos en OSX siguen los esquemas de Unix en los que un punto precedente está marcando un archivo para ser ocultado (ver una interesante explicación a la historia aquí ). El comando de terminal que ha introducido sólo muestra todos los archivos en el Finder, lo que es irrelevante en su caso, ya que no puede descargar el archivo con el punto anterior en el nombre del archivo en primer lugar.
Posible solución:
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Pruebe diferentes navegadores, pero dudo que encuentre uno que no se adhiera a las convenciones de nomenclatura
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puedes probar la aplicación "Google Drive Sync". Tal vez sincronice los archivos en cuestión. Dado que ya muestra los archivos invisibles, deberían aparecer.
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¿Has probado a descargarlo con Google Chrome? ¿También has probado a descargar un archivo dot desde otra fuente que no sea Google Drive?
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¿Puedo preguntar qué archivos de configuración está tratando de sincronizar desde qué sistema operativo? ¿Y qué está tratando de configurar, el Shell por ejemplo?
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@J.C. sí, es zsh