Pregunta extra, exclusión: En MacOS Sierra, tienes una opción en el menú de Apple > Preferencias del sistema > iCloud > Opciones de la unidad iCloud > Carpetas de escritorio y documentos - activadas o desactivadas. Es todo o nada, por lo tanto deberías reconsiderar iCloud para los archivos pequeños, por ejemplo yo lo probé con algunos archivos .dot y muy pronto abandoné esa idea ya que mi tiempo de CPU fue consumido.
Lo mismo ocurre con Dropbox (pero mi experiencia es de un año y medio aquí, así que tal vez Dropbox ahora maneja mejor los archivos pequeños) Otra cosa que intenté fue sincronizar los archivos/contenedores .zipped - eso funcionó bien pero después de un tiempo también lo dejé caer - lo que encontré mejor es la configuración de TimeMachine "set it and forget it" a la que se puede acceder desde el exterior.
Sé que no es la respuesta que buscas, sólo puedo decir por mi experiencia, después de unos meses de sincronización en la nube lo puse en una solución externa donde sincronizo un disco local y me olvido de ello, la QoS se encarga de la prioridad de subida y la sincronización de archivos no es problema de la CPU de mi Mac.
Vale la pena recordarlo: si empiezas a usar iCloud, no hay manera para eliminar ciertos archivos (lo cual es absurdo) - por ejemplo no se pueden eliminar los archivos que las aplicaciones dejan en su usuario ~/biblioteca, sé que parece una locura, pero sólo hay que buscar en Google "iCloud borrar todas las preferencias" o similar
