Yo he experimentado algo similar y siempre sospeché que eran las fotos en el teléfono antes de iCloud Photo Library, que estaba activado. La única forma que conozco para eliminar de forma manual o a través de una sincronización manual en mi Mac utilizando Captura de Imagen que le da la opción de borrar todas las fotos copiadas a la Mac. Tenga en cuenta que estoy con la sincronización de una carpeta en el Mac, no a las Fotos.
No estoy seguro de lo que debía suceder, pero yo estaba tratando de forzar a mi iPhone con sólo han optimizado de copias, así que apagué iCloud Photo Library, eliminado las fotos que se quedaron, y luego se volvió de iCloud Photo Library de nuevo. Fotos procedió a eliminar todas las fotos que me gustaría eliminar manualmente desde mi iPhone de iCloud Photo Library. Que fue inesperado, pero no por una gran crisis, ya he restaurado de "Eliminado Recientemente". Sin embargo, me hizo aprender a no asumir entendí iCloud Photo Library lo suficientemente bien como para pensar que yo podría doblar a mi voluntad.
Después de esas experiencias, si quería tomar un dispositivo completamente fuera de iCloud Photo Library, me gustaría borrarlo y volver a generar el formulario de cero en lugar de una copia de seguridad. Doloroso, pero la única manera de estar seguro.