Acabo de darme cuenta de esto. Qué hace Terminal.app almacenar en iCloud? 
He votado esto, pero no estoy tan seguro de que esto sincroniza. En terminal si ejecuto brctl status | grep -i terminal No veo ningún contenedor y he cambiado las preferencias del terminal para abrir Windows de color no blanco. Tengo Terminal aparece en el panel de preferencias, pero un Mac tiene 128 líneas en el plist y el otro tiene 658 líneas según lo medido por defaults read com.Apple.Terminal.plist|wc -l - ¿Puedes explicar cómo se sincronizan estas preferencias? Estoy viendo cero elementos en común entre dos Macs que tienen iCloud Drive en y las preferencias no son claramente los mismos en ambos Macs.
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Tal vez el historial de comandos. Pero esto es sólo una conjetura.
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El historial de comandos se almacena en el archivo .history.
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Eso es interesante, estoy actualizado al último SO y no tengo Terminal.app en esa lista.
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Es bastante extraño, no veo Terminal.app en mis preferencias de iCloud. Tal vez es una aplicación, utilizando Terminal.app como una interfaz para almacenar archivos en iCloud.
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Terminal no almacena nada explícitamente en iCloud. Considera la posibilidad de enviar un informe de error a Apple sobre su aparición en la lista: developer.apple.com/bug-reporting