Sí. Todos los datos de iCloud está protegido en el resto mínimamente por el cifrado como se describe en el libro blanco sobre seguridad de Apple publica regularmente.
Cada archivo está roto en pedazos y los cifrados por iCloud mediante AES-128 y una clave derivada de cada bloque de contenidos que utiliza SHA-256. Las claves, y los metadatos del archivo, se almacenan por Apple en el usuario de la cuenta de iCloud. El cifrado de los trozos del archivo se almacena, sin que el usuario-identificación de la información, el uso de terceros los servicios de almacenamiento, tales como Amazon S3 y Windows Azure.
https://www.apple.com/business/docs/iOS_Security_Guide.pdf - Página 44
iCloud Drive y CloudKit datos adicionales de la capa(s) de cifrado de claves añadido, pero para las notas de obtener el nivel de seguridad en caso de que los datos se cifran antes de que salga del dispositivo y golpea a la red.
El local de la función de contraseña está únicamente para impedir el acceso de la nota en su dispositivo(s) una vez que la nota se obtiene de la nube.