Desactivar los núcleos no ahorra energía. De hecho, es probable que utilice más poder.
OS X es compatible con SpeedStep que automáticamente escala la frecuencia y el voltaje para soportar la operación que se está realizando. Así, si un núcleo no se utiliza, no consumirá (mucha) energía.
Pero hay más:
Suponga que tiene una tarea que puede ejecutarse en paralelo, como la codificación de vídeo. Si tienes dos núcleos, puedes ejecutarla al menos el doble de rápido con uno. Esto significa que el ordenador puede dejar de utilizar energía para otras tareas necesarias para el proceso -sobrecarga del procesador, asignación de RAM, E/S del disco duro, etc.- mucho antes.
Además, mientras ese largo proceso se está ejecutando, tiene que seguir cambiando todas las demás tareas que el ordenador hace normalmente. Esta conmutación inútil va a consumir energía y recursos.
Ver este hilo de StackOverflow para una explicación más larga.
(Aquí está el Página de Apple en el panel de preferencias del procesador y cómo desactivar los núcleos desde la línea de comandos).