¿Cómo se validan los datos en Automator?

Puede utilizar una acción Run AppleScript para realizar la validación. Entre las acciones 2 y 3 de su flujo de trabajo, añada una acción Ejecutar AppleScript con lo siguiente:

on run {input, parameters}
    if input is {} then
        display notification "File already deleted"
        tell me to quit
    end if
    return input
end run

Esto comprueba si la entrada está vacía (porque no se puede encontrar el archivo), y si es así, ejecuta el código deseado - se puede personalizar display notification como quieras, por ejemplo, mostrando una alerta. El uso de tell me to quit si la entrada está vacía detendrá el flujo de trabajo en este punto.